La evidencia que indica que el consumo de soya tiene un efecto protector contra diferentes tipos de cáncer, es mas fuerte que la encontrada en el caso de los frijoles. En poblaciones donde el consumo de soya es alto, como en China, Japón y otros países Asiáticos, la prevalencia de cáncer de mama, de útero, de próstata y de colon, es generalmente baja. Gracias a la evidencia experimental, se ha postulado que las isoflavonas tienen un efecto protector contra el cáncer en seres humanos.

Aunque existen datos in vitro, de estudios en animales y de estudios epidemiológicos que apoyan el papel protector de la soya o de las isoflavonas contra diferentes formas de cáncer, los datos mas contundentes se han observado en el cáncer de mama y de próstata.

La hipótesis predominante ha sido que las isoflavonas ejercen sus efectos antiestrogénicos cuando se les coloca en un ambiente rico en estrógenos, como en el que se encuentran las mujeres pre-menopáusicas, y que tienen efectos estrogénicos en ambientes pobres en estrógenos, como en las mujeres post-menopáusicas.